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望能培养更多精灵大师，其理由是各国最高国家机密。
于是，我国为保证作为教育机关的训练馆的质量以及训练师志望者的健全发展，推行了徽章制。
训练师在某一地区挑战训练馆获得徽章，集齐八枚徽章后参加地区联盟。
弟子稀少的训练馆，也因为要应付旅行的训练师，避免了什么都不做白白拿钱的尴尬。
训练师志望者们，也因为要挑战各种属性的精灵，而具备了应对各种精灵的知识。
并且，首领如果连续丢失四枚以上徽章，就将失去首领资格，将位置让给后继者。
因此挑战者少的训练馆也无法疏于训练。
另外训练馆的比赛是经过文部省推荐文化厅·环境保护厅，通产以及厚生病院省，大藏银行省，合并前邮政省与自治省与警视厅，全国精灵学会以及全世界精灵训练师团体公认比赛。
经过公认的比赛，精灵和训练师在比赛中如果受伤，治疗费入院费都将由健康保险全额支付。
徽章制就这样持续了50余年。
也产生诸多问题。
训练馆的子女，只会操纵家族拿手的精灵。他们也应该作为训练师得到全面培养。并且也有想做别的工作的小孩。但是由于小地方的训练馆运营并不乐观，就算想去干别的事，也心有余而力不足。
万一首领连败四场，而家里又没有后继者，那长年经营的训练馆就不得不转让给外人。
为了避免这一情况，经营者必须养很多后代，这也使得他们的生活越发艰苦。
有些地区，训练馆只是虚名，一边从事其他职业的首领也不在少数。
还有一些人在三次败北后，第四战时故意买通挑战者，以保其身份。
这虽是明显的不正当行为，可是看看他们惨不忍睹的经营状况，又实在不忍心告发。
精灵训练馆……尤其是弟子稀少的偏僻地区训练馆，不仅仅需要儿童补贴，国家强有力的援助更是必不可少。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－节选自文部省精灵训练馆白皮书
我的梦想
我家是间水系训练馆。
一个月会来两三位挑战者。
首领的爸爸，有时候赢，有时候输。
赢的时候，吃寿喜烧，输的时候，吃鲤鱼王鳞片熬的汁煮出来的粥。
我不讨厌鲤鱼王，但我不喜欢鲤鱼王的粥。
输的时候的爸爸，会把鲤鱼王的鰭放进酒里喝，然后像凶恶精灵暴鲤龙一样发狂。
第二天，输的消息会传到学校，
“你的训练馆就是鲤鱼王……没有用的鲤鱼王”，被同学欺负。
其他的日子，回家后，爸爸会，不是欺负我，是严格训练我。
我从三岁开始，一直在做，成为首领的训练。
在水里，可以三分钟，不用呼吸。
我，成为首领后，每月都想吃，两三回寿喜烧。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－出自某个水系训练馆家庭的少年（8岁）的作文
第三章动画（小说）里设定
（本章重点介绍小说版登场人物以及城镇。只关心世界观的同学可以整章跳过）
训练师排行
新闻和电视每日都会公布国内top10。
儿童杂志《精灵·漫画》，大人专门志《月刊精灵·训练师》以及对手公司的《精灵之友》每月都会更新top1万的名单。
真新镇
真新镇作为乡下地方，小学毕业后，能从事的工作很有限。因此几乎所有小孩，都立志成为训练师启程旅行。
真新镇的训练师水准都很低。从未有人挤进过前10。偶尔可以在top1万的末尾见到几个真新镇出身的人。
真新镇原名纯白镇。
百多年前，一名叫大木·真新的男子获得国内931位的排名，成为了小镇的英雄。人们为纪念他，将镇名改作真新。大木博士亦是其子孙。
大木博士：
大木因在著作《携带兽研究序说》中发表“口袋怪兽和这颗星球的任何一种生物都截然不同”，而引起精灵学会关注，这是在大木20岁时。
这一研究成果得到认可后，大木25岁便指名为彩虹大学携带兽部名誉教授。
然而，这之后大木并未发表重大学术报告，三十几岁就归隐故乡真新镇将自己关进小小的精灵研究所。
有说研究中碰到瓶颈，有说和当时监修的精灵电影中扮演精灵的女演员失恋，其真正原因至今仍是谜。
其后在真新镇独自研究20余年。
曾撰写《图表式，现代精灵必胜法》，畅销至今。
大木有两个兄弟，大哥是真新镇镇长，二哥是真新镇邮政局长。
小智妈妈
花子。29岁。大美人。
17岁时，曾上过《精灵之友》杂志封面。
继承去世母亲的家业，经营餐馆兼旅店的真新屋。料理非常美味。
其真正梦想也是成为训练师。
18岁的某一天，遇见真新屋住宿的青年后一见钟情，后怀上小智。
被百人以上男子告白，但从未想过**。花子并非对丈夫恋恋不舍，只是不希望在抚养小智这件事上给别人添麻烦。
担心小智会和丈夫一样人间蒸发。
小智爸爸
小智出身后立刻动身旅行，从此断绝音讯。最后一次联系是在尼比市。
名字从未上过top1万。
就连只要是公认训练师就一定会留名，拥有10亿人记录（包括过世）的全世界精灵训练师组合会员名簿中都没有其名字。
另外小智祖父也在花子尚未出身时踏上旅程，从此音讯全无。
小茂
10岁。听从镇长（大木博士兄长）建议每天往返两小时去邻镇上学。旅行中同行的拉拉队也是镇长从邻镇请来的。
小智
10岁。虽然立志成为精灵大师但是知识匮乏，经常因为愚蠢行为被小霞抽耳光。
小霞
华蓝四姐妹的老幺。父母因为承受不了经营训练馆的压力而丢下四姐妹。看不惯姐姐们擅自将训练馆改造成剧场而离家出走。
小刚
和动画设定不同。
母亲为了经营训练馆9度和人结婚，生下21个子女（8对双胞胎），小刚获得馆长资格后留下“继承人留得够多了，我的任务已经完成，从今往后我要好好体验我自己的人生。”从此下落不明。
小刚旅行后由弟妹们继承训练馆。
皮卡丘
不愿进入精灵球的皮卡丘在家养皮卡丘中极其少见。家养皮卡丘爱向人类撒娇，小智的皮卡丘特立独行，明明不听从小智命令却依旧呆在小智身边。
原本是夜行性生物，野外露宿的夜晚时常因警惕身边的动静而失眠，因此小智的皮卡丘经常在白天昏昏沉沉。
皮卡丘在成长和经验不足的阶段进化成雷丘，会因无法控制体内电力而出现休克甚至心跳停止等现象。通常这些雷丘救醒后会因为惧怕电气而患拒电症，由于缺少体内必须的电力，这些雷丘最终会骨瘦如柴成为无法使用电气的雷丘。
武藏
成为火箭队前曾是珠宝大盗，但拿到电视上鉴定的珠宝却得到超低评价而遭人嘲笑。对美相当执著。曾变装播音员，为了提高火箭队偷盗精灵的价值而在节目中谎报精灵人气排名。播音技术一流。
小次郎
小时候很安分因此存在感很弱。很注重照片里的自己。
喵喵
会说人话。在携带兽学上，被认为不可能存在，绝对不能存在的喵喵。
另外精灵和精灵间的语言并不相通，精灵也不懂人类语言，但是它们总能明白对方想表达的意思。武藏和小次郎对喵喵听得懂其他精灵的语言表示惊讶。
尼比市
盛产各种岩石，但随着混凝土和新建材的广泛使用而逐渐衰败。对石头不感兴趣的年轻人纷纷出城，城里留下的多是老头老太。
华蓝市
花与水的街道。设有著名的温泉街。曾经旅游业旺盛。后来为吸引更多观光客而建造了许多游乐中心，表演厅和酒场，导致城里奇奇怪怪的人四处游荡，治安很差。城里随处可见的花也多为假花。
枯叶市
这个国家曾在战争中战败，一度被别国侵占。枯叶作为军港吸收了大量西洋文化，建造了许多西式建筑，港口也停靠着大量外国军舰。
随着全球金融风暴，外国海军将许多不需要的船只丢弃在枯叶。那些船只被分解后，船引擎就用来给街道发电。因此枯叶的电费特别便宜，也有了电气街这一别名。
第四章霸王龙的化石（消失的幻之剧场版3&最终话构想）
消失的幻之剧场版第3弹
首藤刚志并没有打算将世界观局限于纸张之上。
精灵是什么？
精灵是人类无法理解的不可思议生物。
首藤让正辉穿上化石盔睡衣，去体会精灵的心情（13话正辉的灯台），让地鼠大闹工地，去告诫人类这里是它们的居所（31话好多地鼠）。
超梦的逆袭，是对自我存在的提问。
路基亚的爆诞，是自我和自我间对共存的追求。
而剧场版第3作，并没有打算讲述结晶塔的故事。
动画中的口袋世界，是一个只有精灵与人类的世界。实际的动物并不存在。实际的动物早已灭绝，只活在传说中。
虽然动画早期时不时会冒出些类似动物的物种，但这纯粹属于作画失误，并非首藤本意。
总之，原定的剧场版3，是一个在只有精灵与人类的世界中，出现第三类事物的故事。
故事从一具霸王龙化石的出土开始。
霸王龙不由分说是地球中生代实际存在的恐龙。
口袋怪兽中有化石精灵。
那么，实际的恐龙化石呢？
在只有精灵与人类的架空世界中，出现了实际存在的恐龙化石。
精灵世界的生物学会大骚动。然后，他们注意到一个重大的事实。
达尔文的进化论。进化论阐述了人与动物的进化过程。可是，口袋世界里只有人类与精灵，实际的动物并不存在。
翻阅古代文献，可以发现这个世界上曾经存在过实际的动物。但现在却不存在。它们只活在文献中，人类的记忆里没有它们。
精灵诞生的年代没有定论，进化论不适用于它们。尽管如此，新种精灵依旧无止境地被人们发现。
过去许多研究精灵的学者，到达一定境界后都不约而同中止研究归隐乡舍，不再发表研究成果。大木博士也不例外。
为什么会这样？
动物从人们的记忆中消失得一干二净，尽管它们仍完好保留在文献中。（甚至连照片都有）
难道这个世界的存在本身，就隐藏着巨大的秘密？
人们通过霸王龙化石的发掘，开始认真思考自己生存的世界究竟是什么。
然而，还没等他们想通，霸王龙化石的眼部就被青光缠绕。
化石动了起来。朝着某个方向，笔直前行。
前行路上，有人类世界也有精灵的野生世界。
有川河也有海洋。
总而言之笔直前行。
前行路上一切阻碍，皆踏平在其脚下。
不阻止霸王龙，便无法解开只有人类与精灵的这个世界的谜团。
前行路上，有主人公小智的真新镇。
有许多精灵的生活圈。
大木博士的研究所被踏成废墟。
他只是喃喃自语，“我知道这一刻终究会来临，虽然我并不明白为何会如此……”
大木博士确实一无所知，除了“这一刻终究会来临”。
必须要阻止笔直前行的霸王龙化石……
精灵和人类，都本能地试图让化石停下。
不停止霸王龙的化石，这个拥有精灵的世界其存在本身就将面临危机。
连面临危机的理由都模糊不清，只是本能地这么感觉。
前行路上，上演着各式各样人类与精灵的活剧。
只是，霸王龙化石依旧笔直前行。
挺身而出试图阻挡化石的精灵与人类。
追赶着前行的化石试图阻挡的小智一行，以及火箭队三人组。
前行路上，有火箭队的秘密基地。火箭队本队也积极展开阻挡化石的行动。
这一刻，不分敌我。
为了阻挡霸王龙的化石，使出浑身解数。
能保持冷静的，也只有信仰“自我存在”的超梦之流。
终于，霸王龙的化石停了下来，在它停下的地方……
故事嘎然而止。
动物究竟是什么？
人类究竟是什么？
去思考他们的区别与相似，答案并不难找到。
就算不借助口袋电影，也能表达的主题。
这就是幻之口袋剧场版3的构想。
电影的主体是“自己生存的世界究竟是什么”
首藤为这个脚本足足构想了半年。他想了许多理由来应付诸如“这么复杂的东西拿出来搞坏世界观怎么办”之类的反论。
可出乎他意料的，阻止霸王龙化石前行的，并非有关世界观的责难，而是制作人一句简简单单的“让无机质物动起来的电影不卖座”。
霸王龙的化石最终未能登上银幕，取而代之的是大家熟知的《结晶塔之帝王》，这也是首藤刚志最后一部口袋电影。
最终话
斯巴达克起义－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－〉standbyme
“自我存在”，“共存”，“生存的世界”。
首藤在对精灵的不断思索中，体力和精力早已严重透支。
他有想过剧场版4，却什么也想不出。
在他脑海中唯一想定的，只有那永远不会实现，却可以真正意义上彻底完结整部系列的，口袋动画最终章。
故事从精灵们引发起义开始。
就像罗马时代的斯巴达克起义一样，精灵们发现自己看起来像是被当作朋友对待，实际一直都在充当人类的奴隶。于是它们发动起义，而起义军首领，正是那不愿呆在人类制造的精灵球中，个性强烈的小智的皮卡丘。
在动画末期，皮卡丘已经具备足够强大的力量。
强到就像罗马时代将罗马逼入绝境的角斗士斯巴达克。
小智与皮卡丘依然没有忘却过去的友情。皮卡丘是应该选择作为精灵独立？还是和异种类生物的人类一起，坚信情感与友情，寻求共存之路？
小智和皮卡丘苦恼不已。
“但是人类和精灵是可以共存的”
这时站出来的，是为了阻止这场战争而大肆活跃的火箭队三人组。
他们激励那些无能的精灵，凭借喵喵奇奇怪怪的翻译行走战场。而且，喵喵会学习人类语言，也正是因为他为了博得心上猫的欢心，而励志成为人类的结果。（71话喵喵的abcde，这一话正是原定最终话的铺垫。）
火箭队三人组是精灵与人类共存的典范。
除去他们，还有那面对“自我存在的提问”，自己是精灵？是人类？还是克隆？寻找到答案的超梦。
无论对方是精灵，是克隆，还是尚未接触的什么，只要自我的存在不灭，我们便可以和任何事物共存。
这还不是结局。
口袋世界是什么？
什么是口袋世界？
答案，早在冒险的开始便已阐明。
当游戏主角走下楼梯，打开电视，电视里显现的是4个行走在铁轨上的少年。
standbyme，《伴我同行》，1986年的美国电影，讲述一个作家成年后回忆儿时某个夏天与伙伴们寻找传说中的尸体的冒险故事。听信流言而踏上旅途，在大人眼中是如此荒唐无稽的，可在少年眼中，却是一场跌宕起伏的大冒险。
尾声
岁月飞逝，已是年迈老人的小智，回想自己的往昔。
那是被美化的少年时代的回忆。空想……，与想象的生物口袋怪兽的冒险。友情。共存。
那是活在现实世界的小智儿时未能邂逅的东西。然而，在少年时代的某处，皮卡丘和精灵们确实就在那里，武藏，小次郎，超梦也都在那里……不只如此，小智少年时代经历的全部冒险，都在老人小智眼前一一闪现。
小智耳边传来妈妈的声音。
“好了，快去睡觉。明天就是出发的日子。”
翌日清晨，被妈妈唤醒的小智重新变回少年的姿态，精神抖擞地冲出家门。
那并不是收服精灵的旅行，也不是成为精灵大师的旅行，那是寻找自我，寻找与他人共存的大冒险。
望能培养更多精灵大师，其理由是各国最高国家机密。
于是，我国为保证作为教育机关的训练馆的质量以及训练师志望者的健全发展，推行了徽章制。
训练师在某一地区挑战训练馆获得徽章，集齐八枚徽章后参加地区联盟。
弟子稀少的训练馆，也因为要应付旅行的训练师，避免了什么都不做白白拿钱的尴尬。
训练师志望者们，也因为要挑战各种属性的精灵，而具备了应对各种精灵的知识。
并且，首领如果连续丢失四枚以上徽章，就将失去首领资格，将位置让给后继者。
因此挑战者少的训练馆也无法疏于训练。
另外训练馆的比赛是经过文部省推荐文化厅·环境保护厅，通产以及厚生病院省，大藏银行省，合并前邮政省与自治省与警视厅，全国精灵学会以及全世界精灵训练师团体公认比赛。
经过公认的比赛，精灵和训练师在比赛中如果受伤，治疗费入院费都将由健康保险全额支付。
徽章制就这样持续了50余年。
也产生诸多问题。
训练馆的子女，只会操纵家族拿手的精灵。他们也应该作为训练师得到全面培养。并且也有想做别的工作的小孩。但是由于小地方的训练馆运营并不乐观，就算想去干别的事，也心有余而力不足。
万一首领连败四场，而家里又没有后继者，那长年经营的训练馆就不得不转让给外人。
为了避免这一情况，经营者必须养很多后代，这也使得他们的生活越发艰苦。
有些地区，训练馆只是虚名，一边从事其他职业的首领也不在少数。
还有一些人在三次败北后，第四战时故意买通挑战者，以保其身份。
这虽是明显的不正当行为，可是看看他们惨不忍睹的经营状况，又实在不忍心告发。
精灵训练馆……尤其是弟子稀少的偏僻地区训练馆，不仅仅需要儿童补贴，国家强有力的援助更是必不可少。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－节选自文部省精灵训练馆白皮书
我的梦想
我家是间水系训练馆。
一个月会来两三位挑战者。
首领的爸爸，有时候赢，有时候输。
赢的时候，吃寿喜烧，输的时候，吃鲤鱼王鳞片熬的汁煮出来的粥。
我不讨厌鲤鱼王，但我不喜欢鲤鱼王的粥。
输的时候的爸爸，会把鲤鱼王的鰭放进酒里喝，然后像凶恶精灵暴鲤龙一样发狂。
第二天，输的消息会传到学校，
“你的训练馆就是鲤鱼王……没有用的鲤鱼王”，被同学欺负。
其他的日子，回家后，爸爸会，不是欺负我，是严格训练我。
我从三岁开始，一直在做，成为首领的训练。
在水里，可以三分钟，不用呼吸。
我，成为首领后，每月都想吃，两三回寿喜烧。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－出自某个水系训练馆家庭的少年（8岁）的作文
第三章动画（小说）里设定
（本章重点介绍小说版登场人物以及城镇。只关心世界观的同学可以整章跳过）
训练师排行
新闻和电视每日都会公布国内top10。
儿童杂志《精灵·漫画》，大人专门志《月刊精灵·训练师》以及对手公司的《精灵之友》每月都会更新top1万的名单。
真新镇
真新镇作为乡下地方，小学毕业后，能从事的工作很有限。因此几乎所有小孩，都立志成为训练师启程旅行。
真新镇的训练师水准都很低。从未有人挤进过前10。偶尔可以在top1万的末尾见到几个真新镇出身的人。
真新镇原名纯白镇。
百多年前，一名叫大木·真新的男子获得国内931位的排名，成为了小镇的英雄。人们为纪念他，将镇名改作真新。大木博士亦是其子孙。
大木博士：
大木因在著作《携带兽研究序说》中发表“口袋怪兽和这颗星球的任何一种生物都截然不同”，而引起精灵学会关注，这是在大木20岁时。
这一研究成果得到认可后，大木25岁便指名为彩虹大学携带兽部名誉教授。
然而，这之后大木并未发表重大学术报告，三十几岁就归隐故乡真新镇将自己关进小小的精灵研究所。
有说研究中碰到瓶颈，有说和当时监修的精灵电影中扮演精灵的女演员失恋，其真正原因至今仍是谜。
其后在真新镇独自研究20余年。
曾撰写《图表式，现代精灵必胜法》，畅销至今。
大木有两个兄弟，大哥是真新镇镇长，二哥是真新镇邮政局长。
小智妈妈
花子。29岁。大美人。
17岁时，曾上过《精灵之友》杂志封面。
继承去世母亲的家业，经营餐馆兼旅店的真新屋。料理非常美味。
其真正梦想也是成为训练师。
18岁的某一天，遇见真新屋住宿的青年后一见钟情，后怀上小智。
被百人以上男子告白，但从未想过**。花子并非对丈夫恋恋不舍，只是不希望在抚养小智这件事上给别人添麻烦。
担心小智会和丈夫一样人间蒸发。
小智爸爸
小智出身后立刻动身旅行，从此断绝音讯。最后一次联系是在尼比市。
名字从未上过top1万。
就连只要是公认训练师就一定会留名，拥有10亿人记录（包括过世）的全世界精灵训练师组合会员名簿中都没有其名字。
另外小智祖父也在花子尚未出身时踏上旅程，从此音讯全无。
小茂
10岁。听从镇长（大木博士兄长）建议每天往返两小时去邻镇上学。旅行中同行的拉拉队也是镇长从邻镇请来的。
小智
10岁。虽然立志成为精灵大师但是知识匮乏，经常因为愚蠢行为被小霞抽耳光。
小霞
华蓝四姐妹的老幺。父母因为承受不了经营训练馆的压力而丢下四姐妹。看不惯姐姐们擅自将训练馆改造成剧场而离家出走。
小刚
和动画设定不同。
母亲为了经营训练馆9度和人结婚，生下21个子女（8对双胞胎），小刚获得馆长资格后留下“继承人留得够多了，我的任务已经完成，从今往后我要好好体验我自己的人生。”从此下落不明。
小刚旅行后由弟妹们继承训练馆。
皮卡丘
不愿进入精灵球的皮卡丘在家养皮卡丘中极其少见。家养皮卡丘爱向人类撒娇，小智的皮卡丘特立独行，明明不听从小智命令却依旧呆在小智身边。
原本是夜行性生物，野外露宿的夜晚时常因警惕身边的动静而失眠，因此小智的皮卡丘经常在白天昏昏沉沉。
皮卡丘在成长和经验不足的阶段进化成雷丘，会因无法控制体内电力而出现休克甚至心跳停止等现象。通常这些雷丘救醒后会因为惧怕电气而患拒电症，由于缺少体内必须的电力，这些雷丘最终会骨瘦如柴成为无法使用电气的雷丘。
武藏
成为火箭队前曾是珠宝大盗，但拿到电视上鉴定的珠宝却得到超低评价而遭人嘲笑。对美相当执著。曾变装播音员，为了提高火箭队偷盗精灵的价值而在节目中谎报精灵人气排名。播音技术一流。
小次郎
小时候很安分因此存在感很弱。很注重照片里的自己。
喵喵
会说人话。在携带兽学上，被认为不可能存在，绝对不能存在的喵喵。
另外精灵和精灵间的语言并不相通，精灵也不懂人类语言，但是它们总能明白对方想表达的意思。武藏和小次郎对喵喵听得懂其他精灵的语言表示惊讶。
尼比市
盛产各种岩石，但随着混凝土和新建材的广泛使用而逐渐衰败。对石头不感兴趣的年轻人纷纷出城，城里留下的多是老头老太。
华蓝市
花与水的街道。设有著名的温泉街。曾经旅游业旺盛。后来为吸引更多观光客而建造了许多游乐中心，表演厅和酒场，导致城里奇奇怪怪的人四处游荡，治安很差。城里随处可见的花也多为假花。
枯叶市
这个国家曾在战争中战败，一度被别国侵占。枯叶作为军港吸收了大量西洋文化，建造了许多西式建筑，港口也停靠着大量外国军舰。
随着全球金融风暴，外国海军将许多不需要的船只丢弃在枯叶。那些船只被分解后，船引擎就用来给街道发电。因此枯叶的电费特别便宜，也有了电气街这一别名。
第四章霸王龙的化石（消失的幻之剧场版3&最终话构想）
消失的幻之剧场版第3弹
首藤刚志并没有打算将世界观局限于纸张之上。
精灵是什么？
精灵是人类无法理解的不可思议生物。
首藤让正辉穿上化石盔睡衣，去体会精灵的心情（13话正辉的灯台），让地鼠大闹工地，去告诫人类这里是它们的居所（31话好多地鼠）。
超梦的逆袭，是对自我存在的提问。
路基亚的爆诞，是自我和自我间对共存的追求。
而剧场版第3作，并没有打算讲述结晶塔的故事。
动画中的口袋世界，是一个只有精灵与人类的世界。实际的动物并不存在。实际的动物早已灭绝，只活在传说中。
虽然动画早期时不时会冒出些类似动物的物种，但这纯粹属于作画失误，并非首藤本意。
总之，原定的剧场版3，是一个在只有精灵与人类的世界中，出现第三类事物的故事。
故事从一具霸王龙化石的出土开始。
霸王龙不由分说是地球中生代实际存在的恐龙。
口袋怪兽中有化石精灵。
那么，实际的恐龙化石呢？
在只有精灵与人类的架空世界中，出现了实际存在的恐龙化石。
精灵世界的生物学会大骚动。然后，他们注意到一个重大的事实。
达尔文的进化论。进化论阐述了人与动物的进化过程。可是，口袋世界里只有人类与精灵，实际的动物并不存在。
翻阅古代文献，可以发现这个世界上曾经存在过实际的动物。但现在却不存在。它们只活在文献中，人类的记忆里没有它们。
精灵诞生的年代没有定论，进化论不适用于它们。尽管如此，新种精灵依旧无止境地被人们发现。
过去许多研究精灵的学者，到达一定境界后都不约而同中止研究归隐乡舍，不再发表研究成果。大木博士也不例外。
为什么会这样？
动物从人们的记忆中消失得一干二净，尽管它们仍完好保留在文献中。（甚至连照片都有）
难道这个世界的存在本身，就隐藏着巨大的秘密？
人们通过霸王龙化石的发掘，开始认真思考自己生存的世界究竟是什么。
然而，还没等他们想通，霸王龙化石的眼部就被青光缠绕。
化石动了起来。朝着某个方向，笔直前行。
前行路上，有人类世界也有精灵的野生世界。
有川河也有海洋。
总而言之笔直前行。
前行路上一切阻碍，皆踏平在其脚下。
不阻止霸王龙，便无法解开只有人类与精灵的这个世界的谜团。
前行路上，有主人公小智的真新镇。
有许多精灵的生活圈。
大木博士的研究所被踏成废墟。
他只是喃喃自语，“我知道这一刻终究会来临，虽然我并不明白为何会如此……”
大木博士确实一无所知，除了“这一刻终究会来临”。
必须要阻止笔直前行的霸王龙化石……
精灵和人类，都本能地试图让化石停下。
不停止霸王龙的化石，这个拥有精灵的世界其存在本身就将面临危机。
连面临危机的理由都模糊不清，只是本能地这么感觉。
前行路上，上演着各式各样人类与精灵的活剧。
只是，霸王龙化石依旧笔直前行。
挺身而出试图阻挡化石的精灵与人类。
追赶着前行的化石试图阻挡的小智一行，以及火箭队三人组。
前行路上，有火箭队的秘密基地。火箭队本队也积极展开阻挡化石的行动。
这一刻，不分敌我。
为了阻挡霸王龙的化石，使出浑身解数。
能保持冷静的，也只有信仰“自我存在”的超梦之流。
终于，霸王龙的化石停了下来，在它停下的地方……
故事嘎然而止。
动物究竟是什么？
人类究竟是什么？
去思考他们的区别与相似，答案并不难找到。
就算不借助口袋电影，也能表达的主题。
这就是幻之口袋剧场版3的构想。
电影的主体是“自己生存的世界究竟是什么”
首藤为这个脚本足足构想了半年。他想了许多理由来应付诸如“这么复杂的东西拿出来搞坏世界观怎么办”之类的反论。
可出乎他意料的，阻止霸王龙化石前行的，并非有关世界观的责难，而是制作人一句简简单单的“让无机质物动起来的电影不卖座”。
霸王龙的化石最终未能登上银幕，取而代之的是大家熟知的《结晶塔之帝王》，这也是首藤刚志最后一部口袋电影。
最终话
斯巴达克起义－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－〉standbyme
“自我存在”，“共存”，“生存的世界”。
首藤在对精灵的不断思索中，体力和精力早已严重透支。
他有想过剧场版4，却什么也想不出。
在他脑海中唯一想定的，只有那永远不会实现，却可以真正意义上彻底完结整部系列的，口袋动画最终章。
故事从精灵们引发起义开始。
就像罗马时代的斯巴达克起义一样，精灵们发现自己看起来像是被当作朋友对待，实际一直都在充当人类的奴隶。于是它们发动起义，而起义军首领，正是那不愿呆在人类制造的精灵球中，个性强烈的小智的皮卡丘。
在动画末期，皮卡丘已经具备足够强大的力量。
强到就像罗马时代将罗马逼入绝境的角斗士斯巴达克。
小智与皮卡丘依然没有忘却过去的友情。皮卡丘是应该选择作为精灵独立？还是和异种类生物的人类一起，坚信情感与友情，寻求共存之路？
小智和皮卡丘苦恼不已。
“但是人类和精灵是可以共存的”
这时站出来的，是为了阻止这场战争而大肆活跃的火箭队三人组。
他们激励那些无能的精灵，凭借喵喵奇奇怪怪的翻译行走战场。而且，喵喵会学习人类语言，也正是因为他为了博得心上猫的欢心，而励志成为人类的结果。（71话喵喵的abcde，这一话正是原定最终话的铺垫。）
火箭队三人组是精灵与人类共存的典范。
除去他们，还有那面对“自我存在的提问”，自己是精灵？是人类？还是克隆？寻找到答案的超梦。
无论对方是精灵，是克隆，还是尚未接触的什么，只要自我的存在不灭，我们便可以和任何事物共存。
这还不是结局。
口袋世界是什么？
什么是口袋世界？
答案，早在冒险的开始便已阐明。
当游戏主角走下楼梯，打开电视，电视里显现的是4个行走在铁轨上的少年。
standbyme，《伴我同行》，1986年的美国电影，讲述一个作家成年后回忆儿时某个夏天与伙伴们寻找传说中的尸体的冒险故事。听信流言而踏上旅途，在大人眼中是如此荒唐无稽的，可在少年眼中，却是一场跌宕起伏的大冒险。
尾声
岁月飞逝，已是年迈老人的小智，回想自己的往昔。
那是被美化的少年时代的回忆。空想……，与想象的生物口袋怪兽的冒险。友情。共存。
那是活在现实世界的小智儿时未能邂逅的东西。然而，在少年时代的某处，皮卡丘和精灵们确实就在那里，武藏，小次郎，超梦也都在那里……不只如此，小智少年时代经历的全部冒险，都在老人小智眼前一一闪现。
小智耳边传来妈妈的声音。
“好了，快去睡觉。明天就是出发的日子。”
翌日清晨，被妈妈唤醒的小智重新变回少年的姿态，精神抖擞地冲出家门。
那并不是收服精灵的旅行，也不是成为精灵大师的旅行，那是寻找自我，寻找与他人共存的大冒险。